1. Giai đoạn từ năm 1975 đến năm 1988:
Tiền thân của KHAWASSCO là Công ty Cấp thoát nước Phú Khánh, được chính thức thành lập vào ngày 29/10/1979 trên cơ sở sáp nhập nhà máy nước Nha Trang và nhà máy nước Cam Ranh.
Trước đó, từ năm 1975, công ty bắt đầu từ việc tiếp quản Nhà máy nước Nha Trang do Ty giao thông vận tải quản lý, sau đó chuyển giao về Ty Xây dựng Phú Khánh vào năm 1976.
Trong giai đoạn này, công ty liên tục tiếp nhận, mở rộng và xây dựng nhiều công trình quan trọng như: Trạm bơm Xuân Phong (1980), trạm bơm Vĩnh Trường, bể chứa La San (1983), nhà máy nước Sông Cầu (1984), trạm xử lý nước Lê Hồng Phong.
Tính đến năm 1988, công ty đã thi công cấp nước trên toàn tỉnh Phú Khánh với 640 công nhân viên.
2. Giai đoạn từ tháng 07/1989 đến tháng 12/1992:
Tháng 07/1989, tỉnh Phú Khánh tách thành 02 tỉnh Phú Yên và Khánh Hòa.
Đến ngày 12/04/1991, công ty chuyển giao Nhà máy nước Sông Cầu cho UBND tỉnh Phú Yên.
Dù trong giai đoạn chuyển giao, công ty vẫn tiến hành đầu tư nhiều công trình lớn như: Khởi công xây dựng Nhà máy nước Võ Cạnh (công suất 23.000 m3/ngày đêm), mở rộng Trạm bơm Bầu Mốc và khu xử lý Cầu Dứa, xây trạm bơm tăng áp Nguyễn Đình Chiểu tại đồi La San và cải tạo nhiều tuyến ống phân phối lớn.
Ngày 23/12/1992, UBND tỉnh Khánh Hòa ra quyết định thành lập lại Công ty Cấp thoát nước Khánh Hòa.
3. Giai đoạn từ tháng 12/1992 đến năm 1997:
Công ty hoạt động với các chức năng chính: Sản xuất, tiêu thụ nước máy; Lắp đặt, khảo sát, thiết kế mạng lưới đường ống cấp thoát nước.
Năm 1993, công ty được xếp hạng Doanh nghiệp nhà nước hạng II.
Năm 1995, công ty được bổ sung chức năng nhận nợ và vay lại một phần vốn vay theo hiệp định tín dụng của Dự án Cấp nước và Vệ sinh Nha Trang.
4. Giai đoạn từ năm 1998 đến nay:
Đầu tư và thăng hạng: Công ty triển khai Dự án cấp nước và vệ sinh Nha Trang từ nguồn vốn vay ADB (hơn 18,5 triệu USD) để nâng cấp đồng bộ mạng lưới và nhà máy. Đồng thời, xây mới Nhà máy nước Xuân Phong (10.000 m3/ngày đêm) và nâng công suất Nhà máy Võ Cạnh lên 30.000 m3/ngày đêm. Nhờ đó, năm 1999 công ty được nâng lên Doanh nghiệp nhà nước hạng I.
Chuyển đổi thành mô hình TNHH MTV (2010): Ngày 26/06/2010, công ty chuyển đổi thành Công ty TNHH MTV Cấp thoát nước Khánh Hòa và nhận Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh vào ngày 23/09/2010.
Thực hiện Cổ phần hóa (2013): Thực hiện chủ trương cổ phần hóa, công ty đã tổ chức bán đấu giá cổ phần lần đầu ra công chúng vào ngày 25/09/2013. Ngày 26/12/2013, Đại hội đồng cổ đông thành lập Công ty cổ phần được tiến hành.
Từ ngày 31/12/2013, KHAWASSCO chính thức hoạt động theo hình thức Công ty Cổ phần với tên gọi Công ty cổ phần Cấp thoát nước Khánh Hòa, vốn điều lệ ban đầu là 260 tỷ đồng.
Từ năm 2014 đến nay: Đây là giai đoạn hiện đại hóa và chuyển đổi số của ngành nước. Công ty không ngừng đầu tư vào công nghệ tiên tiến, tự động hóa hệ thống, cải thiện dịch vụ khách hàng và mở rộng quy mô phục vụ với việc ứng dụng công nghệ thông tin, quản lý thông minh và phát triển bền vững.
Cơ cấu cổ phần hiện tại
Tính đến thời điểm hiện tại, cơ cấu cổ đông của Công ty cổ phần Cấp thoát nước Khánh Hòa được phân bổ như sau:
| Cổ đông chủ chốt | Tỷ lệ nắm giữ |
| UBND Tỉnh Khánh Hòa | 51.00% |
| Công ty TNHH Nước sạch REE | 43.88% |
| Các cổ đông khác | 5.12% |
